唐飞院长、党总支书记
主持全院工作。分管：项目管理办公室、《四川文物》编辑部、国际合作与交流中心、三星堆遗址工作站（三星堆考古研究所）
姚军副院长
分管：人事科、文化遗产保护研究所、四川石窟寺保护研究院（石窟寺考古研究所）、文物信息中心
刘禄山副院长
分管：财务科、党群办、革命文物保护研究中心
谢振斌
分管：办公室、四川石窟寺保护研究院（石窟寺保护工程研究所）、文物保护修复研究中心
刘志岩
分管：科研办公室、旧石器考古研究所、新石器考古研究所、商周考古研究所、历史时期考古研究所、民族考古研究中心、 科技考古中心、皮洛遗址工作站、城坝遗址工作站、罗家坝遗址工作站、江口遗址工作站、会理考古工作站、广元考古工作站。